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香菜菌核病是由子囊菌亚门核盘菌属的核盘菌Sclerotinia sclerotiorum（Lib de Bary）侵染所致。菌丝呈白色，菌核外部为黑色，内部是白色。菌核萌发时产生子囊盘，多的可达几十个，一般3―10个。子囊盘初为杯状，后来呈盘状，淡黄褐色，盘下有长柄。子囊盘表面排列有子囊，呈棍棒状，内含有8个子囊孢子。
侵染循环病菌以菌核在土壤中或混在种子中越冬，成为第二年初侵染源。翌年条件适宜时，菌核即萌发，产生子囊盘，弹射出子囊孢子，借气流传播，侵入寄主发病后，则通过菌丝在田间进行再侵染。田间还可通过染有菌核病的杂草(如马齿苋)传播到香菜上，反复侵染，后来条件恶化时，病菌又形成菌核进行越冬。
