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栉孔扇贝为雌雄异体，存在雌雄同体的现象。在繁殖季节，雌性生殖腺呈橘红色，雄性生殖腺呈乳白色，区分明显。繁殖季节过后，生殖腺退化，雌、雄外观上完全相同，呈无色半透明状。
栉孔扇贝每年有两个繁殖期，第一次在5-7月，水温14-20℃，第二次约在9-10月，水温22-20℃。繁殖季节主要与水温有关，在不同的海区有较大的差异，山东南部沿海，5月上中旬进入繁殖盛期；而在长岛北部岛屿海区，6-7月份才进入繁殖盛期。
除水温以外，生殖腺植树的变化也是确定繁殖季节的一个重要依据，生殖腺指数平均达到15%时进入繁殖期。
在繁殖季节有多次排放的习性，第一次排放后，经过一周左右又可排放，壳如此反复多次。产卵量随个体的增大而增加，壳高6-7cm的两龄倍，怀卵量800万-1000万粒，一次产卵量200万粒左右，壳高8-9cm的3龄贝，怀卵量为1500万粒，一次产卵量400万粒左右。成熟卵子直径70微米左右，精子全长50微米左右。
